贞观十四年(公元640年，庚子年)
春天正月甲寅日，皇帝到魏王泰的府邸，赦免了雍州长安关押的死刑以下的囚犯，免去延康里今年的租赋，还对魏王泰的属官以及同里的老人，都按等级赏赐了东西。
二月丁丑日，皇帝来到国子监，观看祭祀先圣先师的典礼，让祭酒孔颖达讲解《孝经》，然后对祭酒以下直到成绩优秀的学生，按等级赏赐了丝绸。当时，皇帝大力征召天下有名的儒者来担任学官，还多次到国子监，让他们讲经论道。学生只要能精通一部大经以上，都能补授官职。又增建了一千二百间学舍，把学生人数增加到三千二百六十人。就连屯营飞骑，也配备了博士，让他们教授经书，有能通晓经书的，允许参加贡举。这下可好，四面八方的学者都云集到京城，甚至高丽、百济、新罗、高昌、吐蕃这些地方的酋长，也都派子弟来请求进入国学学习，来听讲的人多达八千多。皇帝觉得各家对经书的解说门派众多，章节语句繁杂，就命令孔颖达和其他儒者一起撰写并审定《五经》的疏义，称为《正义》，让学习的人使用。
壬午日，皇帝到骊山泡温泉；辛卯日，回到宫中。
乙未日，皇帝下诏寻找近代有名儒者，像南朝梁的皇甫侃、褚仲都，北周的熊安生、沈重，南朝陈的沈文阿、周弘正、张讥，隋朝的何妥、刘炫等人的子孙，并上报朝廷，准备加以提拔任用。
三月，窦州道行军总管党仁弘攻打罗窦造反的獠人，大获全胜，俘虏了七千多人。
辛丑日，流鬼国派使者来进贡。这个国家离京城有一万五千里远，靠近北海，南边挨着靺鞨，以前从来没和中原交往过，这次使者经过多次辗转翻译才来到这里。皇帝封使者佘志为骑都尉。
丙辰日，朝廷设置宁朔大使来监护突厥。
夏天五月壬寅日，把燕王灵夔改封为鲁王。
皇帝打算到洛阳去，就命令将作大匠阎立德去寻找避暑的地方。秋天八月庚午日，在汝州西山修建襄城宫。阎立德是阎立本的哥哥。
高昌王麹文泰听说唐朝发兵，就对他的国民说：“唐朝离咱们有七千里远，其中两千里都是沙漠，那地方没水没草，寒风刮起来像刀割，热风吹过来像火烧，他们怎么能派大军过来呢！以前我去唐朝朝拜，看到秦、陇以北地区，城镇一片萧条，跟隋朝的时候根本没法比。现在他们来攻打咱们，要是发兵多了，粮草运输都供应不上；要是三万以下的兵力，咱们有能力对付他们。咱们就以逸待劳，坐等他们露出破绽。要是他们把军队驻扎在咱们城下，超不过二十天，粮食吃完了肯定得走，到时候咱们再追上去把他们俘虏，有啥可担心的呢！”可等他听说唐朝军队到了碛口，就又忧又怕，不知道该咋办，结果急出病来，一命呜呼了，他儿子麹智盛即位。
唐朝军队到了柳谷，侦察兵报告说麹文泰按日子算马上要下葬，高昌国人都会聚集到那儿，将领们请求趁机袭击。侯君集说：“不行，天子因为高昌无礼，才派咱们来讨伐，现在在人家坟墓这儿搞偷袭，这可不是问罪之师该干的事儿。”于是就敲着鼓大张旗鼓地前进，到了田城，劝他们投降，对方不答应，第二天一早开始攻城，到中午就攻克了，俘虏了男女七千多人。又让中郎将辛獠儿做前锋，夜里向高昌都城进发，高昌出兵迎战，结果吃了败仗，大军随后赶到，抵达城下。
麹智盛给侯君集写信说：“得罪天子的是我父王，上天降罚，他已经去世了。我刚即位没多久，希望尚书您可怜可怜我，体察我的难处。”侯君集回信说：“你要是能悔过，就到军营门口束手投降。”麹智盛还是不出来。侯君集就下令填平壕沟攻城，飞石像雨点一样落下，城里的人都只能躲在屋子里。又造了个巢车，有十丈高，可以俯瞰城中。有人在街上走，或者被飞石击中，巢车上的人都会大声通报。之前，麹文泰和西突厥可汗勾结，约定有急难就互相帮助。西突厥可汗派他的叶护驻扎在可汗浮图城，给麹文泰撑腰。等侯君集到了，西突厥可汗害怕了，往西跑了一千多里，叶护则献城投降。麹智盛走投无路，癸酉日，开城门出来投降。侯君集派兵占领了高昌其他地方，一共拿下二十二座城，八千零四十六户，一万七千七百人，高昌土地东西八百里，南北五百里。
皇帝想把高昌改成州县，魏征劝说道：“陛下刚即位的时候，麹文泰夫妇第一个来朝拜，后来渐渐变得骄傲自大，所以才对他们进行讨伐。惩罚麹文泰一个人就够了，应该安抚高昌的百姓，保留他们的国家，再立他的儿子为国君，这样陛下的威望和恩德就能传播到远方，四方的少数民族都会心悦诚服。现在要是贪图他们的土地改成州县，那就得经常派一千多人去镇守，几年一换，来来往往死在路上的人得有十分之三四，还要供应他们的衣物钱财，让他们离开亲人。十年之后，陇右地区就会变得空虚贫困。陛下最终也得不到高昌的一把粮食、一尺布帛来帮助中原，这就是所谓的耗费有用的东西去做没用的事。我觉得这事儿不太可行。”皇帝没听他的，九月，把高昌这块地方设为西州，把可汗浮图城设为庭州，每个州都设置属县。乙卯日，在交河城设置安西都护府，留下军队镇守。
侯君集俘虏了高昌王麹智盛和他的大臣、豪杰后返回。这时候，唐朝的疆土东边到大海，西边到焉耆，南边到林邑，北边到大漠，这些地方都设置了州县，东西宽九千五百一十里，南北长一万九百一十八里。
侯君集讨伐高昌的时候，派使者约焉耆一起行动，焉耆很高兴，听从了安排。高昌被攻破后，焉耆王到军营门口拜见侯君集，还说焉耆有三座城之前被高昌抢走了，侯君集就上奏把高昌抢走的焉耆百姓和那三座城都归还给焉耆。
冬天十月甲戌日，荆王元景等人又上表请求皇帝举行封禅大典，皇帝没答应。
当初，陈仓折冲都尉鲁宁因为犯事被关进监狱，他仗着自己官职高，就对陈仓尉尉氏县的刘仁轨破口大骂，刘仁轨一怒之下，把他给打死了。州里把这事报告给朝廷，皇帝大怒，下令把刘仁轨斩首，怒火还没消，说：“什么小县尉，竟敢杀我的折冲都尉！”又下令把刘仁轨抓到长安当面质问他。刘仁轨说：“鲁宁当着我治下百姓的面这样羞辱我，我实在气不过，就把他杀了。”说话的时候神色自若。魏征当时在旁边，就问：“陛下知道隋朝为什么会灭亡吗？”皇帝问：“为什么？”魏征说：“隋朝末年，百姓强横，欺凌官吏，就像鲁宁这样。”皇帝听了很高兴，就提拔刘仁轨做了栎阳丞。
皇帝打算到同州去打猎，刘仁轨上书说：“今年秋天粮食大丰收，老百姓才收获了一两成，要是让他们去操办打猎的事儿，修路搭桥，动不动就得耗费一两万个工，实在是耽误农事。希望陛下能把出行的时间往后推十天，等他们把农活忙完，这样公私都能兼顾。”皇帝看了，写了诏书表扬并采纳了他的建议，不久后又升刘仁轨为新安令。闰月乙未日，皇帝到同州去；庚戌日，回到宫中。