亿万万纪元前，天地未分，宇宙鸿蒙，唯有无边混沌翻涌，浊气凝霜，清气浮烟，无生无死，无始无终。直至盘古神尊自混沌核心孕育而生，其身撑天拄地，目蕴日月，掌握乾坤，一声怒吼震碎鸿蒙，巨斧劈落，清浊两分——清气上升为天，浊气下沉为地，天地初成，而盘古神尊身化万物，筋骨为山川，血脉为江河，神魂散作漫天星斗，精血凝为九地灵源，一缕不灭道韵，藏于天地玄黄之间。
天地初开，混沌余韵未散，天地造化孕生先天生灵。鸿钧道人自紫霄云气中诞，目透天道，身合自然，于混沌残墟悟大道三千；三清尊神承盘古元神三分，太上老君掌无为道韵，元始天尊执阐教玄理，通天教主握截教生机，各悟神通，法力通天；女娲娘娘自补天石灵脉中化，容姿绝世，掌心凝造人、补天两道本源，身带鸿蒙紫气，天生便掌众生造化；东皇太一伴太阳星而生，执混沌钟，统御诸天星神，帝君镇北斗，掌天地秩序，一众先天生灵自诞生起便身怀无上神力，引天地灵气入体，道基深不可测，举手投足便有星河倒转、山海挪移之能。
先天众神聚于天地核心之地，此地凝盘古开天之清灵，蕴无穷造化，众神以无上法力开辟神域，立紫宸宫为天地中枢，星穹境为道祖道场，各立宫阙，定神域规矩，鸿钧道人悟透天道本源，证得无上道果，为神域唯一道祖，统御众神，彼时神域祥云缭绕，道韵漫天，先天众神各司其职，天地一片祥和，是为开天第一盛世。
然盘古开天之时，其精血洒落九地，受天地灵气滋养，亿万年岁月后，诞出巫族一脉。蚩尤执蚩尤旗，勇冠三界，力能扛山；祝融掌南明离火，焚天煮海，无物不燃；共工控九天弱水，翻江倒海，可覆昆仑；后羿挽射日弓，箭破苍穹，能落星辰，更有十二祖巫各掌天地法则，肉身强悍无匹，不借法宝，不悟天道，仅凭盘古精血所化之躯，便敢与先天众神争锋。巫族天生骁勇，嗜战好胜，又居地脉深处，资源匮乏，见神域天地造化无穷，珍宝无数，终是按捺不住，蚩尤率十二祖巫，领亿万巫族大军，冲破天地结界，直闯神域，掀起开天以来第一场三界大战。
巫族大军悍不畏死，祖巫肉身坚不可摧，蚩尤旗展，巫族兵士越战越勇，祝融火起，神域仙山琼阁燃成火海，共工水涌，紫宸宫下云海倒灌。神域众神亦奋起反击，鸿钧道祖端坐星穹境，以天道之力护神域根基；三清联手，阐截双教神通齐出，法宝漫天，诛仙阵、太极图、盘古幡交织出道道灵光；女娲娘娘以补天石凝结界，挡巫族狂潮，东皇太一击混沌钟，震碎巫族阵型，帝君掌北斗星力，镇巫族气运。
两界碰撞，天崩地裂，神域与巫族地界的交界之处，受先天法力与盘古精血之力的双重冲击，轰然碎裂，数万亿块天地碎片四散飞去，每一块碎片皆携天地本源，于混沌中自成乾坤，慢慢演化成独立位面，诞出亿万个新生宇宙，便是后世诸天万界的由来。这场大战持续万载，神域众神凭先天法力、鸿蒙法宝与天道加持，终是压下巫族锋芒，可十二祖巫为盘古精血所化，神魂与天地灵源相连，纵使肉身被灭，亦能死而复生，众神无法将其彻底抹杀，最终只得联手，以无上道力凝聚封印，将蚩尤与十二祖巫及残余巫族大军，尽数封印于元宇宙一处虚无之地。
为防巫族破封而出，鸿钧道祖亲引天道法则，众神各输本源法力，于虚无之地外布下层层无上结界，以大神通将这片土地从世间彻底抹去，传送到混沌深处无法估算的未知地带，自此巫族绝迹于三界，只留封印的道韵，在混沌中静静流转。
经此一战，神域虽胜，却也元气大伤，仙官神将折损无数，往日热闹的神域，渐生清冷。众神闲来无事，便请女娲娘娘造些生灵，以添神域生气。女娲娘娘本就掌众生造化，见众神相请，便欣然应允，取神域灵土，和以瑶池仙水，按众神的容貌身形，抟土造人，又吹入一口鸿蒙紫气，令其有了灵智与生机。初造的人族，聪慧灵动，性情各异，神域之中，终是有了烟火气息。
亿万年岁月流转，人族自神域散落至诸天万界的亿万个宇宙位面，受各天地造化滋养，慢慢演化，竟诞出妖族、海族、灵族等无数种族——妖族吸天地灵气，化形修炼；海族居江河湖海，掌水脉生机；灵族自草木星辰中诞，身带自然灵韵，诸天万界，自此众生林立。而盘古开天之时未散的浊气，于混沌深处慢慢凝聚，化生出邪魔一族，此族无灵智，唯好杀戮，以众生神魂为食，无穷无尽，所到之处，生灵涂炭，成为诸天万界最头疼的祸患，屡除不尽，屡禁不绝。
众生之中，人族天生聪颖，为世间所有种族之最，虽无先天神力，却能自悟天道，有那天资卓绝之辈，观星辰运转，悟山川变化，慢慢摸索出修炼之法，引灵气入体，锻肉身，修神魂，历经千难万险，竟也能证得神位。久而久之，人族中的神越来越多，他们向往神域的至高境界，便拼尽一切，冲击神域壁垒，只求能踏入那片天地核心之地。
萧峰，便是这天地间第一个从人到神，再到圣人，最终证得圣人王的人族。他本是一介凡胎，生于凡界一隅，却天生道骨，悟性逆天，凭一己之力，从修炼入门，一路披荆斩棘，历经千劫万难，终是打破神域壁垒，踏入众神之地。彼时的他，虽有修为，却对神域规矩一无所知，幸得女娲娘娘见其根骨奇佳，心性纯良，心生喜爱，将其收留于女娲宫。
女娲娘娘为萧峰讲解神域规矩，传授其神域正统功法，二人朝夕相处，萧峰敬女娲为师长，女娲视萧峰如弟，亦师亦友，无话不谈，成为彼此最知心的人。萧峰对修炼痴迷不已，日夜不辍，女娲娘娘虽为先天生灵，修炼速度远超常人，却生性慵懒，不喜苦修，闲来便爱琢磨些奇思妙想，造些新奇生灵，或是摆弄瑶池仙葩，可对萧峰的修炼，却极为上心，每每有感悟，便尽数传授，萧峰的修为，也因此一日千里，突飞猛进。
女娲娘娘的修为止步于圣人境，可萧峰却凭借着过人的毅力与逆天的悟性，在神域中闯出了自己的天地，一路突破至圣人王境，修为远超女娲，成为神域中最耀眼的人族新星。纵使身居高位，萧峰对女娲依旧敬重有加，护其周全，神域之中，无人敢对女娲有半分诋毁，只因她是萧峰的逆鳞，触之必死。
随着人族晋升神域的人数越来越多，神域之中渐渐诞生了不少大大小小的势力，而萧峰与一众追随者所创立的清虚宗，便是其中最强大的一个。上古传说中的清虚宗，自此现世，后世清虚星的名字，也正是取自这上古宗门，天道轮回，冥冥之中早已注定。萧峰被人族修士共尊为圣尊，其妻昭姬温婉贤淑，修为高深，被共尊为圣后，萧峰麾下更有两大护卫、四大战神，二十八星宿皆是神域赫赫有名的圣人强者，麾下数十亿大军，所向披靡，兵士最低修为皆是神皇境，清虚宗的势力，一时无两，威震神域。
那时的萧峰，意气风发，风华绝代。神域常年受域外邪魔纷扰，邪魔一族自混沌浊气中诞生，无穷无尽，每每来犯，皆是萧峰亲自带头冲锋，清虚宗大军常年驻守神域边界，与邪魔浴血奋战，护得神域及诸天万界祥和安宁亿万万载。萧峰之名，不仅在人族中如日中天，便是在先天众神之中，也备受敬重。
可木秀于林，风必摧之。萧峰的光芒太过耀眼，盖过了神域中其他几位圣人王的锋芒，引来了他们的妒忌与眼红。他们不甘居于萧峰之下，更觊觎清虚宗的势力与神域的权柄，便暗中勾结，密谋陷害萧峰。几人故意在神域边界制造缺口，引数千万域外邪魔大军闯入神域，邪魔所到之处，生灵涂炭，仙官神将死伤无数，甚至有几位圣人惨遭毒手，身死道消，魂飞魄散。
而后，他们将这一切嫁祸给萧峰，污蔑他想独霸神域，故意引邪魔入内，为证“罪名”，更是伪造了无数证据。萧峰携清虚宗众人浴血奋战，拼尽全力度退邪魔，满身伤痕归来，等待他的，却是神域众神的质疑与几位圣人王的联手镇压。女娲娘娘见萧峰蒙冤，怒不可遏，欲为其辩解，却被道祖鸿钧制止，道祖只淡淡一句“天意如此，这都是萧峰的命数”，便封了她的言语。
萧峰怒极，悲极，面对那无从辩驳的伪造证据，面对众神的误解与圣人王的逼迫，他心灰意冷，却不愿束手就擒，更不愿清虚宗众人因自己而遭难。最终，萧峰含恨选择兵解入轮回，以自身圣人王神魂为引，愿承受千万世轮回之苦，以证自身清白。
萧峰兵解，昭姬悲痛欲绝，怒火攻心，彼时她已怀有萧峰的孩子数万年，竟因此胎死腹中，昏迷数月不醒。待昭姬醒来，诺大的清虚宗早已不复存在，树倒猢狲散，昔日繁华，尽成云烟，唯有一位陈姓副将忠心耿耿，携家人留在她身边，悉心照料。而萧峰的一众追随者，皆愿随主共死，尽数选择跟随萧峰兵解，一同承受千万世轮回之苦，清虚宗的辉煌，就此落幕。
昭姬万念俱灰，日夜以泪洗面，血泪流尽，心中唯有一个念头：为萧峰证清白。一日，女娲娘娘外出，昭姬孤身前往星穹境，欲求道祖为萧峰主持公道，可她的行踪，早已被那几位陷害萧峰的圣人盯上，他们当即冠以“清虚余孽”的罪名，率人追杀昭姬，一路将她逼出神域，直至她身临绝境，幸得奥林匹斯神域的宙斯出手相救，才得以保全性命。
后昭姬为救阿瑞斯，孤身涉险，女娲娘娘得知后，心急如焚，为护昭姬的性命，只得忍痛以“惩罚”之名，出手将其封印于仙界界心内部。这封印，女娲娘娘本可轻易解开，可她深知，萧峰虽入轮回，却道心未灭，唯有以昭姬为鞭策，才能让他在轮回中一心修圣，早日觉醒，突破天道，解救昭姬，为自己洗清冤屈。
天道轮回，因果循环，萧峰当世的几位妻子，皆与他有前世今生的缘分：云清与苏佩宁，本是上一世萧峰的爱妾，轮回转世，依旧与他相遇相知；陈薇则是那位忠心陈姓副将的爱女，承父辈之恩，伴萧峰左右；而阿芙洛狄忒的相遇，亦是命数安排，为的便是在域外邪魔围攻仙界的生死关头，解除萧峰的这场死劫。
世间一切，皆有迹可循，皆是天道因果。每一个与萧峰相遇的人，都与他有着千丝万缕的关联，所谓天网恢恢，疏而不漏，这世间的一切，仿佛早已注定。
而如今，萧峰于轮回中觉醒，修混沌之法，破天道桎梏，迈出命数之外，其未来之路，无人能测。那尘封的冤屈，那破碎的清虚宗，那封印的昭姬，那暗藏的阴谋，还有那无穷无尽的域外邪魔，以及神域之中尚未平息的暗流……一切的一切，都将因萧峰的脱轨命数，迎来新的改写，三界的风云，亦将再次翻涌。