不过因为使徒尚未消灭，NERV作为对使徒机构，其中的EVA本身就是最强的武器
所以他们并未动手
后面出现了第十五天使——鸟天使
由于身处太空的缘故，nerv让明日香使用朗基努斯之枪将其击杀
失去了朗基努斯之枪的约束，莉莉丝下半身快速生长，形成腿部
但实际上这只是个幌子
朗基努斯之枪可以贯穿“AT力场”
seele之前对于碇源堂只是怀疑
但在朗基努斯之枪失去后，意识到了他的确跳反了
准备对其动手
明日香被其影响精神变成了植物人
零号机出手了
再度自爆
满门忠烈
seele见状派出了最后一个使徒
第一使徒亚当的灵魂体
第十七使徒、自由天使——诸熏
seele哄骗诸熏NERV的总部地下是他的身体
实际上亚当的身体早已被seele回归成了胎状，封存在树脂中。
又因为碇源堂的间谍的缘故
从seele中盗走落在了碇源堂的手中——他将其移植在了自己的掌心
自由天使循着使徒追寻第一使徒亚当的本能前来NERV
顺利通过了NERV后，他来到了NERV的最底层
但没有发现自己的身体
只发现了没有灵魂的第二使徒莉莉丝的身体
他意识到了seele在骗他
意识到了seele想要人类补全成神
作为自由的天使
他选择将未来交给人类
在后续赶来的真嗣驾驶的补全后的初号机的袭击下——他自杀了
至此
除却第2、第18使徒全灭
seele立即翻脸
派遣部队想要在NERV跳反之前将其控制起来
但明日香突然苏醒
因为二号机是她母亲制作，在制作的时候混入了部分她母亲的灵魂，所以她驾驶二号机直接启动
打退了袭击的部队
seele见状派遣出十架装配了s2机关，复制品朗基努斯之枪的量产机出动
将二号机分尸击杀
真嗣见状由于愤怒、恐惧等因素开始补全
同时在地下
碇源堂带着莉莉丝的灵魂体——凌波丽。
来到了莉莉丝的身体前
用移植了亚当的手突破了凌波丽的身体——象征亚当和莉莉丝的结合
他本想以此为根据让自己来主导人类补全计划
但之前的凌波丽虽死
却因为其中唯的缘故，即便对于真嗣的记忆消除，好感却得以保留
所以在这最后的关头
她毫不犹豫地拒绝了丈夫
选择了儿子
由于还需要莉莉丝和亚当的合为一体
就意味着逆卡巴拉开始了
初号机直接发动
被插在月球上的朗基努斯之枪也就是卡巴拉生命之树的残躯回归
十架量产机作为分支
卡巴拉生命之树逆转
神诞生了
所有人类失去AT力场，回归莉莉丝的身体，回归LCL之海
但seele还是失败了
因为真嗣驾驶的主导下
人类补全是以他为主导
而非seele的无主导
所有人类消失
仅有真嗣因强大的at力场从LCL之海中脱离
他带着已经完全失去了意识，由于链接着二号机而神经而完全体验了一遍‘被分尸’而无比痛苦失去了意识的明日香回到了岸上。
剧情结束。
剧场版剧情（序破急终）：
剧情版和正片大差不差
不过在人类补全计划上有一点分歧
正文是需要亚当和莉莉丝的结合
而剧场版则是只要任何一台EVA吞噬了使徒的s2机关就会引发第三次冲击
也就是人类补全计划
以下是剧场版序破急终的剧情：
大概分歧点还是在力天使
不同于原着中初号机吃掉了力天使的S2机关之后无事发生
剧场版中初号机吃掉了S2机关后立即完成了补全
引发了第三次冲击
幸存的人们在地球的废墟上重建家园
初号机由于第三次冲击升入太空
在十年后被美里带领的幸存者机关WILLE重新打捞回来
初号机作为WILLE飞船的核心被拿走
真嗣从中脱离
但因为引发第三次冲击的缘故
被所有幸存的人类敌视
就在这时，凌波丽突然袭击了WILLE的飞船，呼唤了他的存在
他本来以为呼唤自己的是自己在力天使口中撕裂出来的那个最初的凌波丽
但实际上那个凌波丽并未被拯救，或者说没有在现实中被拯救
这个凌波丽是被碇源堂重新制作出来的复制体
制作她的关键在于救回真嗣
之所以要救真嗣是因为人类中只有真嗣拥有和使徒一样强大的at力场
凌波丽救回了真嗣后，真嗣在NERV的废墟上认识了第十三使徒。自由天使，诸熏
剧场版使徒没有18个
只有13个
碇源堂哄骗真嗣只要从莉莉丝的身上拔出朗基努斯之枪就能弥补他第三次冲击毁灭半数人类的灾难
在真嗣和诸熏他们两人在完成了适应后派遣他们前往NERV的地下，莉莉丝的所在拔出两把枪
因为心中的负罪感
真嗣不惜一切代价将其拔了出来
可实际上那里不仅仅有朗基努斯之枪
还有卡西乌斯之枪
但因为拔枪
也因为和真嗣的相处让诸熏忘却了自己的身份，甚至不惜为人类而希望
于是他从第一使徒堕落成了第十三使徒
然后由于两把枪同时拔出
碇源堂的目的达成了
第十三号机
吞噬了第十三使徒
成为了神
碇源堂驾驶着第十三号机
进入了狄拉克之海
真嗣在最后关头被诸熏从13号机中推出，被明日香和真希波带走。
然后又是为了弥补自己的错误
也是为了让自己的父亲碇源堂不毁灭人类
真嗣返回了WILLE再度驾驶初号机
进入了狄拉克之海
面对持有朗基努斯之枪、卡西乌斯之枪，由自己父亲驾驶的十三号机
真嗣驾驶初号机凝聚了不存在的第三把枪——盖乌斯之枪
盖乌斯之枪是纯粹由使用者自身的AT力场塑造，是即便是普通人也可以将其造出的人之枪。
战胜了自己父亲后
就在他想要将一切结束
将一切重来
建立一个没有eva的世界
就在他为此准备使用朗基努斯之枪刺穿自己，不惜牺牲自己的时候
初号机中融合的唯的灵魂出现
她推开了准备自刎的真嗣
使用朗基努斯之枪刺穿了自己
直到最后，作为母亲的她还是愿意去创造一个自己儿子喜欢的，他想要的世界
代替真嗣刺穿的瞬间，她同时也从狄拉克之海彻底抹除了eva，抹除了使徒的存在
完成了’弑神‘
EVA剧情完
摘自网易云音乐歌曲《VOYAGER～日付のない墓标》的评论：
“因为我想和我喜欢的男孩一直在一起。”——绫波丽
“我先你一步长大了。”——明日香
“这一次，我想相信碇真嗣。”——葛城美里
“我曾经想过给你幸福。”——渚薰
“哭泣是解决不了任何问题的。”
“再见了，所有的Evagelion（EVA）。”——碇真嗣